Als Sohn von Karl Gottfried Hagen (1749 - 1829), als Bruder von Ernst August Hagen (1897 1880), als Schwager von Friedrich Wilhelm Bessel (1784 - 1849) und Franz Neumann (1797 - 1895), wuchs Carl H. Hagen im Umkreis der Gelehrtenfamilie Hagen-Bessel-Neumann auf. Prägend waren für ihn der gemeinsame Unterricht in der Hofapotheke bei seinem Vater mit den Prinzen Friedrich Wilhelm und Wilhelm, während des Aufenthaltes der Königsfamilie in Königsberg um 1809 (Lit). Mit Doris Hagen, geb. Linck (1789 - 1869) hatte Carl Hagen 6 Kinder, darunter Robert Hagen (1815 1858), Prof. der Mathematik und Naturwissenschaft am Cöllnischen Gymnasium zu Berlin, Hermann August Hagen (1817 - 1893), Prof. der Zoologie und Entomologie an der Universität Cambrigde und Adolph Hagen (1820 - 1894), Regierungsassessor in Königsberg, Kämmerer ab 1854 der Stadt Berlin und Mitglied des Preuss. Abgeordnetenhauses und des Deutschen Reichstags von 1871 1876. Laut einer Tagebuchaufzeichnung seiner Schwester, Florentine, verkehrte die politische und wissenschaftliche Elite Preußens im Hause Hagen, Sackheimer Tränkgasse, unter ihnen auch Alexander von Humboldt (Hagen, S., S. 169). Hiervon zeugt auch der aufgezeichnete Schriftwechsel zwischen Hagen und Oberpräsident von Auerswald, Staatsrat Georg H.L. Nicolowius, Wilhelm und Alexander von Humboldt u.v.a. Nach einem erfüllten Leben legte Hagen 1835 das Amt als Regierungsrat nieder. Er erlitt einen Schlaganfall und ging als Lehrstuhlinhaber 1849 in Pension.